Wenn 4stellige Preise gegliedert werden sollen, Jahreszahlen aber nicht, wäre zu prüfen, ob die Preise noch mehr auszeichnet als nur 4stellige Ziffern. Vielleicht regelhaft eine hintangestellte Währungsangabe? Dann hiesse der GREP vielleicht so:
«Formatiere jede Ziffer, der 3 Ziffern UND Leerschlag UND chf oder CHF oder eur oder EUR folgen.»
Via Screenshot lässt sich dieser lange GREP schon nicht mehr zeigen; deshalb der Code hier:
\d(?=\d{3}\s[chf|CHF|eur|EUR])

Eine Anmerkung zu deinem Nachtrag: Sollen Zahlen erst ab 5 Stellen gegliedert werden (was mir typografisch sinnvoll erscheint), reicht es nicht, wie von dir angegeben den ersten GREP-Stil gänzlich zu streichen. Wenn ich deine GREP-Ausdrücke richtig verstehe, werden dann nur Zahlen ab 7 Ziffern gegliedert, und die letzte Dreiergruppe überhaupt nicht mehr (Stil anwenden, wenn nachher 6 Ziffern folgen).

Wenn generell 4-stellige Zahlen gegliedert werden, wobei die Jahreszahlen 19?? und 20?? nachträglich wieder zurückgestellt werden, bleibt das Problem der Unterscheidung zwischen einer Jahreszahl (2008) und einer Mengenangabe (2000 Franken).

Eine einfachere Lösung (für Zahlen ab 5 Ziffern) findet sich auf http://www.hilfdirselbst.ch/foren/1000er_Trennzeichen_bei_%3Cb_style%3Dcolor%3A_black%3B_background-color%3A_FFFF80%3EZahlen%3C_b%3E_P312677.html#312677
(einfache GREP-Suche/Ersetzen ohne GREP-Stile)

Gruss, Marco